Científicos de los laboratorios Rocket, crean un nuevo Pokémon en base al ADN del legendario Pkm. Mew. El resultado, un terrible Pokémon psíquico (el más fuerte) que se revela a sus creadores y más tarde a su "jefe", Giovanni.En otro lado de una selva, Mew despierta de su sueño preocupado ante la nueva amenaza. Decide intentar evitarla y vuela hacia el horizonte.Ash, por su parte, es invitado junto con sus amigos a una competencia Pokémon, que se realiza en una extraña isla. Junto con Brock y Misty se preparan para llegar a ella con su ticket de barco en la mano... pero un repentino temporal se desata sobre toda la ciudad, provocando una marea alta y una lluvia copiosa... es inútil, entonces, intentar atravesar el mar para llegar a la Isla.Ash no se da por vencido, junto con un mínimo grupo de entrenadores expertos decide atravesar el temporal valiéndose de sus Pokémon. Misty y Brock lo acompañan. Luego de un tiempo y fuertes problemas logran llegar a tierra firme.El creador de esta competencia es el maligno Pokémon psíquico, Mewtwo. El quería robar los Pokémon de los mejores entrenadores para clonarlos por otros más fuertes.El equipo Rocket cumple un papel importante dentro de la película, ya que son ellos los que descubre el nuevo centro de clonación.Más tarde llegará Mew, el Pokémon legendario, y se enfrenatará contra Mewtwo por la libertad de los Pokémon.La gran batalla comienza: Ash y los otros entrenadores con sus Pokémon contra los clones de los mismos. Luego de estar horas peleando entre ellos, Ash se ve en la obligación de entrometerse entre dos potentes rayos que arrojaban Mew y Mewtwo, quedando el entrenador hecho una roca.La tristeza entre los Pokémon es grande, y con las lágrimas de todos, logran revivirlo.Mew entiende así que los Pokémon se llevan perféctamente con los humanos, y decide irse con sus clones.
